Hồ sơ nhân quyền của Roosevelt đã và đang là đề tài của nhiều tranh cãi. Đối với những nhóm người thiểu số lớn, đặc biệt là người Mỹ gốc châu Phi, người Công giáo, và người Do Thái, ông là người hùng và ông đã thành công cao độ trong việc lôi cuốn đa số cử tri từ các nhóm vừa kể thành liên minh New Deal của ông.[102]

Người Mỹ gốc châu Phi và người bản thổ Mỹ[103] có cuộc sống ổn định nhờ vào các chương trình cứu trợ New Deal. Sitkoff (1978) tường trình rằng Cơ quan Quản trị Tiến triển Xây dựng Công chánh (WPA) "đã cung cấp một sàn kinh tế cho toàn cộng đồng người da màu trong thập niên 1930, có thể nói đáng so sánh với cả ngành nông nghiệp và dịch vụ giúp việc nhà trong vai trò là nguồn thu nhập chính".[104][105]

Vì Roosevelt cần sự ủng hộ của các đảng viên Dân chủ miền Nam Hoa Kỳ cho các chương trình thuộc New Deal nên ông đã quyết định không hối thúc đưa ra quy trình làm luật chống "lynching" (là hình thức giết người không qua xét xử, được thực hiện bởi một nhóm người, thường là treo cổ nạn nhân). Ông sợ một hành động như thế có thể đe dọa đến khả năng thông qua các chương trình ưu tiên cao nhất của ông - cho dù ông đã lên án "lynching" như là một hình thức hợp tác giết người hèn hạ".[106]

Sử gia Kevin J. McMahon cho rằng các bước dài tiến triển trong thời kỳ này đã là nền tảng cho phong trào nhân quyền của người Mỹ gốc châu Phi. Trong Bộ Tư pháp của chính phủ Roosevelt, Bộ phận Nhân quyền cùng làm việc bên cạnh với Hội Quốc gia vì Tiến bộ của Người da màu (NAACP). Roosevelt làm việc với các nhóm nhân quyền khác trong các trường hợp đối phó với sự hung bạo của cảnh sát, các vụ hợp tác hành quyết nạn nhân, và các vụ vi phạm quyền đầu phiếu. Người ta cho rằng các hành động này đã gởi một thông điệp mãnh liệt đến những kẻ theo chủ nghĩa da trắng ưu việt (white supremacist) ở miền Nam Hoa Kỳ và các đồng minh chính trị của bọn họ ở thủ đô Washington.[107]

Bắt đầu vào thập niên 1960, FDR bị buộc tội[108] là đã không hành động đủ quyết đoán để đề phòng hoặc ngăn chặn được cái mà người ta gọi là Holocaust (hủy diệt con người). Những người chỉ trích kể ra một số trường hợp, thí dụ như tình tiết năm 1939 mà qua đó có 936 người tỵ nạn Do Thái trên chiếc tàu SS St. Louis bị từ chối nhận vào nương náu tại Hoa Kỳ vì các luật hạn chế mà Quốc hội thông qua.

Roosevelt đã không sẵn lòng bãi bỏ lệnh cách ly chủng tộc trong quân đội. Tuy nhiên vào ngày 25 tháng 6 năm 1941, Roosevelt ký ban hành Lệnh Hành pháp số 8802, nghiêm cấm kỳ thị dựa vào "chủng tộc, tín ngưỡng, màu da, hay nguồn gốc quốc gia" trong việc thê mướn công nhân làm việc trong các ngành công nghiệp có liên quan đến quốc phòng.[109][110]

Những công dân thuộc quốc gia thù địch đang sống tại Hoa Kỳ và những người có tổ tiên Nhật Bản có cuộc sống rất bấp bênh. Ngày 19 tháng 2 năm 1942, Roosevelt đưa ra Lệnh Hành pháp số 9066, được áp dụng đối với mọi người bị xếp loại là những người thuộc quốc gia thù địch, bao gồm những người có hai quốc tịch đang sống trong những vùng được cho là có nguy cơ cao mà bao trùm phần lớn các thành phố tại Tây Duyên hải Hoa Kỳ. Khi Hoa Kỳ đang có chiến tranh với Ý, khoảng 600.000 thường trú nhân gốc Ý (công dân Ý không có quốc tịch Mỹ) bị giới hạn việc đi lại; sự giới hạn này được bãi bỏ vào tháng 10 năm 1942.[111]

Khoảng 120.000 người gốc Nhật bị buộc phải rời Tây Duyên hải. Từ năm 1942 đến 1945, họ sống trong các trại tập trung phía bên trong đất liền. Những người gốc Nhật khác sống bên ngoài Tây Duyên hải và tại Lãnh thổ Hawaii không bị ảnh hưởng.